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O compromisso com a Qualidade levou o LEF a implementar e gerir, de forma integrada e coerente, os seguintes Sistemas de Garantia da Qualidade: UE-BPF, BPL-OCDE, ISO 17025 e ISO 14001.

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​BPF

 
De maneira a cumprir os requisitos legais aplicáveis à indústria farmacêutica, o LEF tem, desde 1998, certificação BPF (Boas Práticas de Fabrico). Este sistema tem sido constantemente avaliado por inspecções por parte das autoridades reguladoras, assim como através de auditorias realizadas pelos clientes. Todas as áreas de negócio, dos serviços analíticos à unidade de produção, estão integradas, com claro enfoque numa Gestão da Qualidade de acordo com os atuais requisitos do Sistema de Qualidade Farmacêutico.

 
ISO 17025

 
O LEF é desde 2002 um laboratório com acreditação de ensaios segundo a norma ISO 17025, sendo simultaneamente uma CRO (Instituição de Desenvolvimento e Validação de Métodos Analíticos) e uma CMO (Prestadora de Serviços de Análises de Controlo de Qualidade). Pela oferta integrada de serviços analíticos, o LEF é para muitos dos nossos clientes a solução ideal para a subcontratação de serviços de desenvolvimento, validação e realização de ensaios de controlo de qualidade, no âmbito da análise de materiais, libertação para o mercado de medicamentos e realização de ensaios de estabilidade. O LEF encontra-se oficialmente acreditado pelo IPAC, desde 2002, participando regularmente na realização de ensaios interlaboratoriais a nível nacional e internacional.

 
BPL

 
O suporte analítico aos nossos serviços clínicos, nomeadamente a bioanálise de amostras provenientes dos estudos de Biodisponibilidade/Bioequivalência, requer um sistema de garantia da qualidade fortemente controlado. Nesta perspectiva, o LEF é certificado, desde 1995, pela norma BPL-OCDE, pela entidade reguladora portuguesa (INFARMED), e, desde 2008, pela entidade reguladora brasileira (ANVISA).

 
ISO 14001

 
A nossa organização tem implementado um sistema de gestão ambiental certificado desde 2010, actuando de forma ambientalmente responsável, procurando melhorar continuamente o desempenho do Sistema de Gestão e adoptando comportamentos que contribuam para o uso nacional de recursos e criem eficiências que resultem em melhorias contínuas da sua performance ambiental.​